3 resultados para DNA sequencing analysis
em Repositório Institucional da Universidade de Aveiro - Portugal
Resumo:
Espcies de Aeromonas encontram-se distribudas por diferentes habitats, estando especialmente relacionadas com ambientes aquticos. O seu papel em complicaes na sade humana e animal reconhecido. De facto, no s pelo seu potencial de virulncia, mas tambm pelos determinantes genticos de resistncia a antibiticos que possam conter, estes organismos constituem uma preocupao na medicina humana e veterinria. Assim, essencial o estudo da diversidade de espcies de Aeromonas bem como explorar as suas caractersticas fenotpicas e genticas que podem conduzir a impactos negativos. A gua constitui um importante veculo de transmisso de microrganismos e espcies de Aeromonas esto amplamente distribudas em guas tratadas e no tratadas. Em Portugal ainda comum o consumo de guas no tratadas cuja qualidade, na maioria das vezes, no sujeita a monitorizao, como acontece por exemplo, em exploraes agrcolas de gesto familiar. Neste estudo, investigou-se a presena de Aeromonas em guas no tratadas para consumo. Estabeleceu-se tambm uma linha horizontal de colheitas de diferentes amostras de origem agrcola com o intuito de avaliar a possibilidade de a gua ser uma das vias de contaminao de culturas agrcolas e animais por espcies de Aeromonas. Obtiveram-se 483 isolados que foram discriminados por RAPD-PCR. 169 estirpes distintas foram identificadas ao nvel da espcie por anlise filogentica baseada no gene gyrB. Verificou-se uma frequente ocorrncia bem como uma diversidade considervel de espcies de Aeromonas. Em alguns casos, as relaes genotpicas entre isolados de diferentes amostras eram muito prximas. Adicionalmente, a maioria das amostras continha diferentes espcies e estirpes distintas da mesma espcie. A. media e A. hydrophila foram as espcies mais ocorrentes. Um grupo de isolados apresentou variantes moleculares de gyrB diferente das conhecidas at agora, o que indica que podero constituir espcies no descritas. O perfil de susceptibilidade da coleco de Aeromonas a diferentes antibiticos foi estabelecido, constituindo um perfil tpico do gnero, com algumas excepes. Estirpes multirresistentes foram encontradas. A presena de genes tet e bla foi investigada por estudos de PCR, hibridao e, em alguns casos, de sequenciao. Como era esperado, cphA/imiS foi o mais detectado. A deteco de integres fez-se por PCR e hibridao e a sua caracterizao foi feita por sequenciao de DNA; a sua ocorrncia foi reduzida. A maioria das estirpes sintetizou enzimas extracelulares com actividade lipoltica e proteoltica que potencialmente contribuem para virulncia. A anlise por PCR e hibridao permitiram a deteco de vrios determinantes genticos que codificam molculas possivelmente envolvidas em processos patognicos. Diversas espcies de Aeromonas apresentando caractersticas relacionadas com resistncia a antibiticos e potencialmente de virulncia esto frequentemente presentes em produtos para consumo humano e animal em Portugal. ABSTRACT: Aeromonas spp. are present in a wide range of ecological niches, being mainly related to aquatic environments. Their role in human and animal health complications is recognised. In fact, not only for their putative virulence but also for the antibiotic resistance genetic determinants Aeromonas may harbour, these organisms constitute an issue of concern in human and veterinary medicine. Thus, it is essential to get knowledge on Aeromonas sp. diversity and on their genotypic and phenotypic characteristics that may lead to negative impacts. Water constitutes a good contamination route for microorganisms and Aeromonas are widespread in untreated and treated waters from different sources. In Portugal there is still an extensive use of untreated water which is not regularly monitored for quality. This is often the case in family smallholding farms. In this study untreated drinking and mineral waters were assessed for their content in Aeromonas spp. Furthermore, a sampling scheme was designed to investigate the occurrence and diversity of Aeromonas sp. in different agricultural correlated sources and to assess the possibility of water being the transmission vehicle between those sources. 483 isolates were obtained and discriminated by RAPD-PCR. Identification at the species level for 169 distinct strains was done by gyrB based phylogenetic analysis. Results demonstrated the frequent occurrence and considerable diversity of Aeromonas spp. In some cases, genotypic close relations were found between isolates from different sources. Also, most samples contained different species and distinct strains of the same species. A. media and A. hydrophila were the most occurring. A group of isolates displayed gyrB gene sequences distinct from the previously known, indicating that they may constitute representatives of non-described species. The antibiotic susceptibility profile of the aeromonads collection was established and constituted a typical profile of the genus, although few exceptions. Multiresistance patterns were found. The presence of tet and bla genes was investigated by PCR, hybridisation and, in some cases, sequencing analysis. As expected, cphA/imiS was the most detected. Integrons were screened by PCR and hybridisation and characterised by DNA sequencing; low occurrence was recorded. The bulk of strains was able to produce extracellular enzymes with lipolytic and proteolytic activities, which may contribute to virulence. PCR and hybridisation surveys allowed the detection of distinct genetic determinants coding for molecules putatively involved in pathogenic processes. Diverse Aeromonas sp. presenting distinct antibiotic resistance features and putative virulence traits are frequently present in many sources for human and animal consumption in Portugal.
Resumo:
A Doena de Alzheimer (AD) a maior doena neurodegenerativa a nvel mundial, e a principal causa de demncia na populao idosa. O processamento da protena precursora de amilide (APP) pelas - e g- secretases origina o peptdeo A, que agrega em oligmeros neurotxicos e em placas senis. Estes so eventos-chave na patognese da DA que levam rutura da neurotransmisso sinptica, morte neuronal e inflamao neuronal do hipocampo e crtex cerebral, causando perda de memria disfuno cognitiva geral. Apesar dos grandes avanos no conhecimento do papel do processamento da APP na DA, a sua funo fisiolgica ainda no foi totalmente elucidada. Os mapas de interaes protena-protena (PPI) humanos tm desempenhado um papel importante na investigao biomdica, em particular no estudo de vias de sinalizao e de doenas humanas. O mtodo dois-hbrido em levedura (YTH) consiste numa plataforma para a produo rpida de redes de PPI em larga-escala. Neste trabalho foram realizados vrios rastreios YTH com o objetivo de identificar protenas especficas de crebro humano que interagissem com a APP, ou com o seu domnio intracelular (AICD), tanto o tipo selvagem como com os mutantes Y687F, que mimetizam o estado desfosforilado do resduo Tyr-687. De facto, a endocitose da APP e a produo de A esto dependentes do estado de fosforilao da Tyr-687. Os rastreios YTH permitiram assim obter de redes protenas que interagem com a APP, utilizando como isco a APP, APPY687F e AICDY687F. Os clones positivos foram isolados e identificados atravs de sequenciao do cDNA. A maior parte dos clones identificados, 118, correspondia a sequncias que codificam para protenas conhecidas, resultando em 31 protenas distintas. A anlise de protemica funcional das protenas identificadas neste estudo e em dois projetos anteriores (AICDY687E, que mimetiza a fosforilao, e AICD tipo selvagem), permitiram avaliar a relevncia da fosforilao da Tyr-687. Trs clones provenientes do rastreio YTH com a APPY687F foram identificados como um novo transcrito da protena Fe65, resultante de splicing alternativo, a Fe65E3a (GenBank Accession: EF103274), que codifica para a isoforma p60Fe65. A p60Fe65 est enriquecida no crebro e os seus nveis aumentam durante a diferenciao neuronal de clulas PC12, evidenciando o potencial papel que poder desempenhar na patologia da DA. A RanBP9 uma protena nuclear e citoplasmtica envolvida em diversas vias de sinalizao celulares. Neste trabalho caracterizou-se a nova interao entre a RanBP9 e o AICD, que pode ser regulada pela fosforilao da Tyr-687. Adicionalmente, foi identificada uma nova interao entre a RanBP9 e a acetiltransferase de histonas Tip60. Demonstrou-se ainda que a RanBP9 tem um efeito de regulao inibitrio na transcrio mediada por AICD, atravs da interao com a Tip60, afastando o AICD dos locais de transcrio ativos. O estudo do interactoma da APP/AICD, modelado pela fosforilao da Tyr-687, revela que a APP poder estar envolvida em novas vias celulares, contribuindo no s para o conhecimento do papel fisiolgico da APP, como tambm auxilia a revelar as vias que levam agregao de A e neurodegenerao. A potencial relevncia deste trabalho relaciona-se com a descoberta de algumas interaes proteicas/vias de sinalizao que podem que podem ser relevantes para o desenvolvimento de novas estratgias teraputicas na DA.
Resumo:
O projecto de sequenciao do genoma humano veio abrir caminho para o surgimento de novas reas transdisciplinares de investigao, como a biologia computacional, a bioinformtica e a bioestatstica. Um dos resultados emergentes desde advento foi a tecnologia de DNA microarrays, que permite o estudo do perfil da expresso de milhares de genes, quando sujeitos a perturbaes externas. Apesar de ser uma tecnologia relativamente consolidada, continua a apresentar um conjunto vasto de desafios, nomeadamente do ponto de vista computacional e dos sistemas de informao. So exemplos a optimizao dos procedimentos de tratamento de dados bem como o desenvolvimento de metodologias de interpretao semi-automtica dos resultados. O principal objectivo deste trabalho consistiu em explorar novas solues tcnicas para agilizar os procedimentos de armazenamento, partilha e anlise de dados de experincias de microarrays. Com esta finalidade, realizou-se uma anlise de requisitos associados s principais etapas da execuo de uma experincia, tendo sido identificados os principais dfices, propostas estratgias de melhoramento e apresentadas novas solues. Ao nvel da gesto de dados laboratoriais, proposto um LIMS (Laboratory Information Management System) que possibilita a gesto de todos os dados gerados e dos procedimentos realizados. Este sistema integra ainda uma soluo que permite a partilha de experincias, de forma a promover a participao colaborativa de vrios investigadores num mesmo projecto, mesmo usando LIMS distintos. No contexto da anlise de dados, apresentado um modelo que facilita a integrao de algoritmos de processamento e de anlise de experincias no sistema desenvolvido. Por fim, proposta uma soluo para facilitar a interpretao biolgica de um conjunto de genes diferencialmente expressos, atravs de ferramentas que integram informao existente em diversas bases de dados biomdicas.
